Το Τάγμα των Φραγκισκανών συνδέεται με το νησί της Ρόδου από την απαρχή του. Το 1219, ο Αγ. Φραγκίσκος πήγε στους Σαρακηνούς αφήνοντας πίσω την Αγκόνα (Ιταλία) και ταξιδεύοντας μέσω των νησιών του Αιγαίου Πελάγους, όπου η Ρόδος αποτελούσε υποχρεωτικό λιμάνι.
Τα πρώτα ιστορικά στοιχεία για τους Φραγκισκανούς στη Ρόδο ανάγονται στην 12η Ιουνίου 1457, όταν ο De Milly, ο Μεγάλος Μάγιστρος των Ιωαννιτών Ιπποτών της Ιερουσαλήμ που κυριαρχούσαν στο νησί, εξέδωσε Διάταγμα που επέτρεπε στους Μοναχούς να ζουν στο Μοναστήρι του Αγ. Μάρκου, μέσα στα τείχη της πόλης. Το 1480, οι Τούρκοι έκαναν επίθεση στο νησί που κατάφερε να αντισταθεί. Κατά τη διάρκεια της επίθεσης, έγινε το θαύμα της Παρθένου, με την Παρθένο να εμφανίζεται, ενώ οι Τούρκοι είχαν ήδη διέλθει τα τείχη.
Μετά τη νίκη, ο Μεγάλος Μάγιστρος D'Aubusson, ζήτησε να χτιστεί εκεί η Εκκλησία της Παναγίας της Νίκης. Το 1523, όταν οι Ιππότες τελικά νικήθηκαν από τους Τούρκους, σχεδόν όλοι οι Φραγκισκανοί αναγκάστηκαν να φύγουν από το νησί της Ρόδου για να πάνε στην Ανατολική Επαρχία, που είχε κέντρο την Κωνσταντινούπολη. Μεταξύ του 1523 και του 1720, οι Φραγκισκανοί της Αποστολής της Κωνσταντινούπολης, πήγαιναν περιοδικά στη Ρόδο για να τελέσουν τα μυστήρια για τους Καθολικούς φυλακισμένους των Τούρκων.
Στις αρχές του '700, η Ιερή Επιτροπή για την Προώθηση της Πίστης ανέθεσε την αναδιοργάνωση της Αποστολής της Ρόδου στον Αποστολικό Νομό της Κωνσταντινούπολης. Οι Καθολικοί, δύο ή τρεις οικογένειες και 15 σκλάβοι συγκεντρώθηκαν σε μια μικρή εκκλησία, όπου γινόταν προσκύνημα της εικόνας της Παναγίας της Φανερωμένης (η Παρθένος που εμφανίστηκε κατά τη διάρκεια της μάχης).
Το 1743 χτίστηκε καινούρια εκκλησία, διευρύνθηκε, και το 1853 έγινε η κύρια εκκλησία της παρούσας Καθολικής Κοινότητας. Το 1875 οι Ιεραποστολικές Φραγκισκανές Μοναχές της Gemova ήρθαν στη Ρόδο, όπου ίδρυσαν ένα σχολείο και δίδασκαν Γαλλικά, Ιταλικά, Ελληνικά, καθώς και χειροτεχνίες και άλλες γυναικείες δραστηριότητες σε νέες, παρέδιδαν επίσης και μαθήματα πιάνου.
Το 1889 οι Λασαλιανοί μοναχοί ήρθαν στο νησί και άνοιξαν το σχολείο τους στο Νιοχώρι.
Το 1897 η Αποστολή στη Ρόδο ανεξαρτητοποιήθηκε από την Κωνσταντινούπολη και έγινε Αποστολικός Νομός, συμπεριλαμβάνοντας τα κοντινά νησιά.
Η Αγία Έδρα αρχικά ανέθεσε την Αποστολή στους Μοναχούς του Αγ. Φραγκίσκου της Ασίζης και το 1972 την ανέθεσε στην Κουστωδία των Αγίων Τόπων.