Zakon Braci Mniejszych jest związany z wyspą Rodos od samych początków. Około 1219 roku święty Franciszek udał się do Saracenów, wyruszając z Ankony. Jest bardzo prawdopodobne, że żeglował wzdłuż wybrzeży Włoch i Grecji, zahaczając także o wyspy egejskie. Rodos był jednym z ważniejszych portów handlowych.
Pierwsza historyczna data potwierdzająca przybycie Franciszkanów na Rodos sięga 12 Czerwca 1457 roku, kiedy to Wielki Mistrz Jacques de Milly wydał dekret pozwalający Franciszkanom przybycie na Rodos i zajęcie klasztoru świętego Marka znajdującego się w obrębie murów miasta.
W 1480 roku wyspa została zaatakowana przez Turków. Miasto pod dowództwem Wielkiego Mistrza Pierre Aubusson przetrwało jednak zwycięsko najazd ponieważ podczas tego ataku wydarzył się cud ukazania się Dziewicy Maryi. Po bitwie, Wielki Mistrz wybudował kościół pod wezwaniem Matki Bożej Zwycięstwa.
W 1523 roku, gdy miasto upadło Franciszkanie podążyli wraz z całym rycerstwem z wyspy na wygnanie.Od roku 1523 do 1720, franciszkanie z Misji w Konstantynopolu udawali się na Rodos cztery razy w ciągu roku, aby sprawować sakramenty dla katolików więzionych na wyspie.
Na początku 1700, Święta Kongregacja Rozkrzewiania Wiary poleciła PrefekturzeApostolskiej w Konstantynopolu odbudowę misji na Rodos. Katolicy, którzy liczyli wówczas zaledwie dwie lub trzy rodziny jak piętnastu niewolników, gromadzili się wówczas w małym kościele, gdzie był czczony obraz „Matki Faneromeni” (był to obraz Matki Bożej, która ukazała się w trakcie bitwy).
W 1743 roku wybudowano nowy kościół, który został następnie powiększony w 1853 roku i stał się kościołem matką obecnej wspólnoty parafialnej. W 1875 na Rodos przybyły siostry franciszkankimisjonarki. Założyły one szkołę, w której uczonojęzyka francuskiego, włoskiego, greckiego, pracdomowych i gry na fortepianie.
W 1889 roku na Rodos przybyli bracia lassaliani i także otworzyli szkołę w Neohori. W 1897 roku misja na Rodos oderwała się od Konstantynopola i usamodzielniła się jako prefektura apostolska, której podlegały sąsiednie wyspy.
Stolica Apostolska powierzyła opiekę misji Braciom Franciszkanom prowincji pod wezwaniem świętego Franciszka z Asyżu. W 1972 roku opiekę nad misją przejęła Franciszkańska Kustodia Ziemi Świętej.