La présence de l'Église latine à Rhodes et à Chypre était liée, depuis le début de la présence franciscaine, à la Province franciscaine de la Custodie de Terre Sainte.
Il est prouvé historiquement qu'une église latine fut construite en l'an 1000 à Rhodes, pour servir les marchands et les voyageurs venant de l'Ouest.
Au temps des croisades, la communauté latine s'accrut rapidement et de nouvelles églises furent construites. En ce temps-là, les premiers frères mineurs arrivèrent d'Italie, propageant leur présence sur toute l'île.
Sous l'occupation turque, seuls quelques frères franciscains furent autorisés à rester à Rhodes. Ils assistaient les esclaves sur le plan spirituel, ainsi que les marchands, même si ces derniers étaient bien moins nombreux.
Dans les temps modernes (de 1912 à 1943), les frères franciscains contribuèrent beaucoup au soutien des richesses physiques et spirituelles de la communauté internationale, surtout les richesses italiennes. A cette période, les Franciscains sur l'île provenaient de la Province séraphique d'Assise.
En 1972, la présence franciscaine sur l'île était liée à la Custodie de Terre Sainte, qui envoya quelques frères de Jérusalem pour s'occuper de la communauté catholique sur l'île.