L’ordine francescano è legato fin dalle sue origini all`isola di Rodi. Nel 1219 San Francesco andò presso i Saraceni partendo da Ancona e toccò le isole dell’Egeo, essendo Rodi un porto obbligatorio.
La prima fonte storica della venuta dei Francescani a Rodi risale al 12 giugno 1457 quando De Milly, Gran Maestro dei Cavalieri ospedalieri di Gerusalemme che governavano l’isola, emise un decreto che permetteva ai frati di occupare il convento di San Marco nella citta’ murata. Nel 1480 i turchi attaccarono l’isola che resistette vittoriosamente all’assedio. Durante quest’attacco avvenne il miracolo dell’apparizione della Vergine nel punto in cui i turchi avevano sfondato le mura. Dopo la vittoria, il Gran Maestro D’Aubusson costruì in quel luogo la chiesa di Santa Maria della Vittoria. Nel 1523 con la sconfitta definitiva dei Cavalieri da parte dei turchi, quasi tutti i Francescani dovettero abbandonare Rodi per trasferirsi nella Provincia d’Oriente il cui centro era a Costantinopoli. Tra il 1523 e il 1720, i Francescani della Missione di Costantinopoli, andavano periodicamente a Rodi per amministrare i Sacramenti ai cattolici, schiavi prigionieri dei Turchi.
All’inizio del ‘700, la Sacra Congregazione di Propaganda Fide diede l’incarico alla Prefettura Apostolica di Costantinopoli di ricostruire la Missione di Rodi. I cattolici, all’epoca due-tre famiglie e una quindicina di schiavi, si riunirono in una piccola chiesa dove si venerava l’immagine della “ Vergine Faneromeni” (la Vergine che era apparsa durante la battaglia).
Nel 1743 fu costruita la nuova chiesa che fu, poi, ingrandita e che nel 1853 divenne la chiesa madre attuale della comunità cattolica. Nel 1875 vennero le Suore Missionarie Francescane di Gemona che fondarono una scuola dove insegnavano francese, italiano, greco, lavori femminili e pianoforte.
Nel 1889 arrivarono sull’isola i frati lassaliani che aprirono una scuola a Neochori. Nel 1897 La Missione di Rodi si distaccò da Costantinopoli e divenne prefettura Apostolica indipendente, con le isole adiacenti.
La Santa Sede affidò la cura della Missione ai Frati di San Francesco della provincia di Assisi e nel 1972 volle che passasse alla Custodia di Terra Santa