Der Orden der Franziskaner ist seit seiner Gründung mit der Insel Rhodos verbunden gewesen. 1219 machte sich St. Franziskus von Acona, Italien aus auf in Richtung der Sarazenen und reiste dabei durch das Ägäische Meer und Rhodos war ein obligatorischer Hafen.
Die ersten historischen Informationen über die Franziskaner auf Rhodos sind auf den 12. Juni 1457 datiert, als De Milly, Großmeister des Hospitalordens von Jerusalem, der über die Insel herrschte, einen Erlass ausstellte, der den Mönchen erlaubte im Kloster St. Mark innerhalb der eingemauerten Stadt zu leben. 1480 hatten die Türken die Insel attackiert, welche der Belagerung jedoch standhalten konnte. Während dieses Angriff ereignete sich das Wunder der Jungfrau, bei dem die Jungfrau erschien als die Türken durch die Stadtmauer brachen. Nach dem Sieg lies der Großmeister D'Aubusson die Kirche Our Lady of Victory an diesem Ort errichten. 1523, als die Ritter endgültig von den Türken besiegt worden waren, mussten fast alle Franziskaner die Insel verlassen und in die Oster-Provinz, mit der Stadt Konstantinopel im Zentrum, ziehen. Zwischen 1523 und 1720 kamen die Franziskaner der Mission Konstantinopel regelmäßig auf die Insel zurück, um den Katholiken, inzwischen versklavte Gefangene der Türken, mit den Sakramenten zu dienen.
Zu Beginn des 18. Jahrhunderts gab die Heilige Gemeinde der Propaganda Fide die Rekonstruktion der Kirchenarbeit auf Rhodos in die Obhut der apostolischen Präfektur von Konstantinopel. Die Katholiken, zwei bis drei Familien plus ungefähr 15 Sklaven, versammelten zu dieser Zeit in einer kleinen Kirche in der ein Bild der Jungfrau Faneromeni (die Jungfrau die im Kampfe erschienen war) verehrt wurde.
1743 wurde eine neue Kirche gebaut und dann 1853 erweitert, so dass sie zur Hauptkirche der katholischen Gemeinschaft wurde. 1875 kamen die Missionarischen Franziskanischen Nonnen von Gemona nach Rhodos, wo sie eine Schule aufmachten, in der sie Französisch, Italienisch, Griechisch, weibliche Aktivitäten und Klavier lehrten.
1897 wurde die Kirchenarbeit auf Rhodos unabhängig von der in Konstantinopel und wurde mitsamt den umliegenden Inseln zur apostolischen Präfektur.
Der Apostolische Stuhl wurde in die Obhut der Franziskaner gegeben und 1972 in die der Kustodie des Heiligen Landes.